La création du bureau des Archives de l'occupation visait à rapatrier et conserver en un seul lieu tous les documents produits par les administrations françaises d'occupation en Allemagne et en Autriche, dont une partie des services centraux parisiens et la partie française des archives tripartites. Le bureau des Archives de l'occupation française en Allemagne et en Autriche est créé dès 1952, même si la mission de Rapatriement des archives, chargée de préparer la mise en place du bureau, a poursuivi ses activités jusqu'en 1956.

En raison de la masse de documents à rapatrier, le choix de porta assez vite sur Colmar, pour des raisons pratiques avant tout. Christian Wilsdorf, directeur-adjoint des Archives départementales du Haut-Rhin, se vit confier la direction de l'équipe de tri et de rapatriement le 14 aout 1951 par la direction des Archives de France. Le tri des archives destinées à la future ambassade auprès de la république fédérale d'Allemagne, à Bonn, fut supervisé par Léon de Groer. Installés à Baden-Baden, ils forment tous deux la mission de Rapatriement des archives qui conduisit à la conclusion, le 14 mai 1952, d'un accord entre les services des Affaires allemandes, d'une part, et la préfecture du Haut-Rhin, d'autre part, pour le transfert des archives à Colmar. Le rapatriement des archives de l'occupation française en Autriche fut confié à Raoul de Broglie. Les principales séries furent versées à Colmar entre 1952 et 1955. Les dossiers prêtés à l'ambassade de France à Vienne ont quant à eux été versés à la fin de l'année 1996. Les dossiers prêtés à l'ambassade de France à Bonn ont été rapatriés en 1983. Les archives du secteur français à Berlin ont été versées en plusieurs étapes:

1985 : dossiers des périodes 1945-1955,

1993-1994 : archives du gouvernement militaire français de Berlin pour la période 1955-1990.

Les services centraux parisiens transférèrent, en juillet 1954, 253 caisses d'archives, provenant essentiellement du centre d'Études et de documentation de la direction des Affaires économiques et sociales, et de la mission de Liaison du commandant en chef français en Allemagne. En mars 1970, Colmar accueillit 40 nouvelles caisses, provenant cette fois du bureau de liquidation des services des Affaires allemandes et autrichiennes, parmi lesquelles se trouvaient également des archives de la direction des Affaires économiques et sociales du commissariat général aux Affaires allemandes et autrichiennes. Quelques dossiers égarés de cette même direction furent versés en octobre 1972. Les dossiers de Michel Debré, président de la commission du Plan de la Sarre constituèrent, au mois d'août 1984, le dernier transfert de Paris à Colmar. Enfin, les Archives de la direction des Affaires économiques conservées jusque là au centre des Archives diplomatiques de Nantes furent versées à Colmar en deux temps, en 1992 et en 1997.

Les archives tripartites furent d'abord conservées à Metz, avant d'être transférées à Colmar en décembre 1979. Le 14 août 1952, les Hauts Commissaires anglais et américain avaient accepté la proposition française qui impliquait la remise des archives de la Haute Commission alliée à la France. Entre 1954 et 1955, c'étaient environ 2000caisses qui avaient été acheminées à Metz après la signature de trois accords entre 1953 et 1954 prévoyant les modalités de conservation et de communication, ainsi que la conservation des archives de la JEIA (agence commune d'importation et d'exportation) à Metz jusqu'en 1979.

Une fois à Colmar, bureaux et archives furent tout de même déplacés à plusieurs reprises. Les archives étaient dans un premier temps hébergées dans le bâtiment F de la cité administrative. Un premier transfert eut lieu en 1954 lorsque la municipalité reprit le bâtiment et attribua aux archives un bâtiment domanial rue de la Houblonnière. En 1962, un second déménagement eut lieu vers le bâtiment I de la cité administrative occupée auparavant par les Archives départementales. Elles y demeurèrent jusqu'en 2010. Les bureaux quant à eux changèrent sept fois de localisation. Ils s'établirent définitivement avec l'ouverture d'une salle de consultation au 2ème étage du bâtiment J le 4 juillet 1986. Celle-ci pouvait accueillir au maximum 15 personnes. En 1999, une cellule de travail fut ouverte pour l'écoute des archives orales et la consultation des microfilms.

Outre l'accueil des archives des services administratifs relatifs à l'occupation française en Allemagne et en Autriche, le rôle du bureau des Archives fut de reclasser les nombreuses séries qui lui étaient parvenues et d'en rédiger les instruments de recherche.

Werner Henneke, ancien membre de la mission de rapatriement, fut le premier directeur du bureau, de 1956 à 1990. M. Barrois l'assista dans sa tâche, puis une secrétaire fut recrutée quelques années plus tard pour la saisie des inventaires. À partir de 1998, un quatrième agent fut recruté. Le nom de l'administration changea en 1996 pour devenir le centre des Archives de l'occupation française en Allemagne et en Autriche, avant de reprendre son nom de bureau quelques années plus tard. Le bureau des Archives accueillait régulièrement des vacataires et des stagiaires.

Outre la mission de collecte et de classement, le bureau des Archives contribuait à la valorisation des fonds en participant activement à des colloques et congrès. Les archivistes ont tenu un stand au Salon du Livre de Colmar de 2005 à 2008. Les échanges avec l'étranger étaient fréquent, tout particulièrement avec les archivistes d'outre Rhin. Le musée des Alliés à Berlin et le United States Holocaust Memorial Museum (Washington) ont régulièrement fait appel au bureau des Archives de l'occupation pour des demandes de renseignements et des demandes de prêts aux expositions. Articles de presse et reportages ont contribué à la visibilité du service en France et en Allemagne. Dans les années 2000, le bureau des Archives était également présent sur la page des archives du ministère des Affaires étrangères.

En 2004 commença le chantier du centre des Archives diplomatique de La Courneuve dont l'objectif était de désengorger le Quai d'Orsay devenu trop exigu pour les archives. La décision fut prise d'y rassembler aussi les fonds conservés à Colmar, et le bureau des Archives ferma ses portes.

Le bureau des Archives de l'occupation française fit trois versements au centre d'Archives et de documentation: le premier en 1999, le second en 2005 et le dernier lors du déménagement. Le 30 juin 2010, le bureau des Archives de l'occupation française à Colmar fut définitivement fermé, et tous les fonds furent transférés sur le site de La Courneuve, y compris celui de l'administration. Les fonds concernant l'occupation en Allemagne et en Autriche furent rapidement mis à disposition des lecteurs, en revanche celui du bureau ne fut traité qu'à l'été 2016.

Versement.

Le fonds est principalement composé de documents administratifs relatifs à l'organisation interne du service, à l'organisation et à la communication des fonds. S'y trouve notamment une abondante série de dossiers de lecteurs, de demandes de recherches et d'inventaires. Une boîte contient les documents relatifs à l'accueil des archives concernées par l'affaire des visas du consulat de Sofia, qui furent accueillies par le bureau des Archives de l'occupation en raison de la proximité des lieux avec le juge strasbourgeois en charge de l'affaire.

Le traitement du fonds a débuté par un récolement. Au terme de cette première étape, il est apparu qu'un tri s'imposait dans les inventaires en raison de leur absence de datation et surtout de leur désuétude. Le choix a été fait de conserver l'inventaire le plus ancien et l'inventaire le plus récent de chaque fonds concerné. Un certain nombre de doubles et de documents ne présentant pas d'intérêt à la conservation furent également éliminés. Des réintégrations furent en outre nécessaires: quatre boîtes contenant des documents laissés par de hauts dirigeants nazis lors des procès de Nuremberg furent reclassées dans la série AJ, des dossiers de personnel furent réintégrés le fonds du GFCC et des dossiers relatifs aux consulats de Fribourg et Sarrebruck dans la série AP. Enfin des archives concernant la prison de Spandau, dont des microfilms, réintégrèrent la série consacrée à la division de la sureté du GMFB.

La trace des trois versements successifs fut conservée en raison du principe du respect des fonds; en outre cela facilitait le classement et la recherche. Le plan de classement appliqué par le bureau des Archives de l'occupation française en Allemagne et en Autriche et son évolution entre 1952 et 2010 furent conservés autant que possible. Tous les documents sont conditionnés en boites Cauchard. Des cartes et plans ont été numérisés pour des soucis de conservation. Partant du principe que le bureau des Archives succède à la Mission de rapatriement, les bordereaux de caisses originaux ont été classés dans les dossiers de fonds et non dans les inventaires afin de distinguer le travail effectué par ces deux administrations.

Conforme au code du patrimoine.

Les dossiers de personnels et dossiers nominatifs sont soumis à un délai de communicabilité de 50 ans.

Conforme au règlement intérieur de la salle de lecture du centre des Archives diplomatiques de La Courneuve.

Le fonds contient des plans qui peuvent être soumis au droit d'auteur: cotes 63, 584, 585 et 597.

Répertoire numérique détaillé par Delphine REZÉ, vacataire, sous la direction de Cyril DAYDÉ, Conservateur du patrimoine, La Courneuve, septembre 2016, 79 p.Voir l'inventaire

- Fonds de la mission de Rapatriement des archives de l'occupation française en Allemagne et en Autriche, conservé au centre des Archives diplomatiques de La Courneuve sous la cote 1MAR.

- Archives des administrations françaises et des organismes tripartites relatives à l'occupation française en Allemagne et en Autriche, conservées au centre des Archives diplomatiques de La Courneuve.

- Fonds Europe, conservé au centre des Archives diplomatiques de La Courneuve.

- Archives départementales du Haut-Rhin.

- Martial de La Fournière [sous la dir.], Les archives du Ministère des relations extérieures depuis les origines: histoire et guide, Tome 2, Imprimerie nationale, Paris, 1985.

- Marie Hamon et Sandrine Einhorn-Heiser, Guide des Archives de l'occupation française en Allemagne et en Autriche, Direction des Archives et de la Documentation du ministère des Affaires étrangères, 1998.