A Alexandrie, l'existence d'un « consul des Français et des pèlerins » est signalée par deux voyageurs italiens, Sigoli et Gucci dès le XIVe siècle (1384-1385).

Le baron d'Anglure y trouve un fondigue (ou comptoir) de France vers 1395 ou 1396.

A cette époque, l'existence des consulats dépendait des mouvements commerciaux. Ainsi, durant certaines périodes, on n'en trouve plus trace dans l'histoire, pour constater ensuite leur réapparition dans les endroits où ils avaient disparu. Au milieu du XVe siècle, le commerce français, après une de ses crises, connaissait une embellie. A ce moment, le roi rétablit des consulats dans les localités où les galères de France faisaient escale. Alexandrie en faisait partie. Charles VII chargea, vers 1447, un des lieutenants de Jacques Cœur, Jean de Village, de se rendre en Egypte et d'y annoncer la venue prochaine d'un consul de France qui résiderait à Alexandrie. Jean de Village fut de retour avec des lettres promettant de traiter le futur consul avec les mêmes égards que ceux des autres nations.

Vers 1610-1620, le siège du consulat de France en Egypte est transféré d'Alexandrie vers le Caire, faisant ainsi d'Alexandrie un vice-consulat.

En 1774, on assiste à la création du consulat général d'Égypte, installé au Caire, mais dès 1777, le consul d'alors, Mure l'Aîné, choisit de s'établir à Alexandrie afin de se trouver plus proche des nombreux négociants français établis dans le port et ainsi, d'échapper à l'autorité du Bey. L'ancien vice-consulat redevient alors consulat en 1795 puis retrouve son statut d'origine le 27 janvier 1796. La question du lieu du siège du consulat général se pose encore longtemps et ce n'est qu'à la fin du 19ème siècle que le consulat général se fixe définitivement au Caire.

En 1833, le vice-consulat d'Alexandrie est supprimé lors de la nomination de Ferdinand de Lesseps comme consul au Caire. La chancellerie est alors gérée par des drogmans-chanceliers. En 1876, le consulat de France à Alexandrie est rétabli.

En 1946, le consulat est érigé au rang de consulat général.

Le poste est fermé le 1er novembre 1956 à la suite de la rupture des relations diplomatiques entre la France et l'Égypte. Il réouvre en 1963.

Les archives anciennes du consulat général de France à Alexandrie ont été en grande partie détruites en 1882 (le consulat de France est détruit suite aux tirs de la flotte britannique, qui feront beaucoup d'autres dégâts dans la ville), à l'exception de dossiers et registres de chancellerie (actes notariés, immatriculations, affaires militaires et maritimes, tribunal consulaire).

Les archives du consulat ont été conservées sur place dans les locaux du consulat jusqu'à leur rapatriement en deux étapes, en 1987 et en 2009.