L'ambassade ayant tout d'abord été en résidence à Zagreb (1993-1994), il semble que le premier ambassadeur, M. Jacolin, s'est constitué un fonds propre avec les dossiers qu'il était tenu de conserver par devers lui. Il semble avoir conservé cette pratique jusqu'à son départ à la fin de l'année 1995. Par la suite, les archives ont été tenues selon un plan de classement approuvé par la Direction des Archives et mis en place en 1996.

La première partie de ce versement (« fonds » constitué par M. Jacolin) a été inventoriée dès 1997 (liste des dossiers envoyés par dépêche n°156/ARD du 1er juillet 1997). La deuxième partie du versement, organisée selon le plan de classement, a été traitée par la mission d'archives de 2002. Néanmoins, lors du rapatriement, le poste a ajouté au versement 9 cartons de dossiers à réintégrer.

Versement en 2003 (n°2003/37), réalisé par la mission d'archives effectuée du 8 au 14 décembre 2002 par Mme Dominique Vondrus-Reissner, conservateur du patrimoine.

Les archives s'organisent en deux sous-fonds :

1) archives de l'ambassadeur Jacolin (articles 1 à 30), (1991) 1993-1995

2) archives de l'ambassade mission de l'ambassadeur M. Yves Gaudeul (articles 31 à 85), 1996-1998 (1999) dont les grandes séries organiques sont les suivantes :
Bosnie-Herzégovine
France
Europe
Organisations et questions internationales
Protocole
Fonctionnement du poste

L'essentiel de ce deuxième sous-fonds commence en 1996 avec toutefois quelques dossiers antérieurs datant de l'ambassade de M. Jacolin.

Enfin, certains dossiers datent de 1999 et concernent les frais de représentation de l'ambassadeur Yves Gaudeul ainsi que les dossiers nominatifs de personnel.

1 chemise : voir PV de destruction du 2 février 2006.

Un plan de classement a été rédigé par le poste et adressé à la direction des archives (dépêche n°168/ARD du 18 décembre 1996). Avant cette date, les dossiers jugés importants ont été regroupés et conservés par l'ambassadeur.

Lors du traitement du versement au CADN, de nombreux dossiers non cotés ou cotés mais mal rangés ont été réintégrés à leur place.

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Etat de versement des achives rapatriées de l'ambassade de France à Sarajevo (Bosnie-Herzégovine), (1991) 1993-1998 (1999), poste 2002, CADN 2005, mise à jour 2023 (anonymisation).
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Les bibliothèques spécialisées des Archives diplomatiques, à La Courneuve et à Nantes, proposent des ressources complémentaires, accessibles à l'étude et à la recherche.