Suite à l'indépendance du pays en 1953, la France quitte la propriété de l'Hôtel du Haut-commissaire au Royaume du Cambodge et investit un terrain de 4,8 ha, sis 1 boulevard Monivong, destiné à accueillir les locaux de la future représentation diplomatique française. Dès 1956, l'ambassade dispose des budgets nécessaires pour des travaux de construction qui s'achèvent en avril 1961.

En 1975, lors des événements khmers rouges, l'ambassade de France se transforme temporairement en centre de regroupement international et accueille plus d'un millier de réfugiés avant d'être remise aux mains des assaillants. Les locaux sont évacués et la majorité des archives sont détruites in situ en situation d'urgence. Le site devient alors une porcherie sous le régime Pol Pot, puis une caserne pour l'armée des occupants vietnamiens, avant que l'État du Cambodge y installe un orphelinat.

L'ancien site de l'ambassade étant dévasté, l'ambassadeur nommé en 1991, s'installe temporairement dans un immeuble au croisement des rues 55 et 242. Quatre ans sont nécessaires pour réhabiliter les locaux d'origines inaugurés le 12 juillet 1995. Les dossiers et archives déménagent avec l'équipe diplomatique boulevard Monivong dans des locaux réhabilités et modernes qui disposent d'espaces de conservation intermédiaire à proximité des bureaux et d'une salle de conservation sécurisée.

Le campus abrite les services de l'ambassade (chancellerie, service culturel, service commun de gestion et section consulaire), une mission de coopération de défense, la résidence de l'ambassadeur, et les logements des policiers français du détachement de sécurité.