Charles Thomson est le frère de Gaston Thomson, député de Constantine, influente personnalité républicaine et ministre.  Il est successivement préfet, premier gouverneur civil de la Cochinchine (1882-1885) puis ministre plénipotentiaire au Danemark (1886-1891).

Les papiers Thomson ont été prélevés lors des scellés placés à son domicile marseillais après son décès en juillet 1898.

Les papiers Thomson concernent les fonctions de celui-ci en Cochinchine, au Cambodge et au Danemark. 

Thomson arrive à Saïgon à une période cruciale, marquée par l'expédition du Tonkin, mais aussi le renouvellement du protectorat au Cambodge, dont il négocie les conditions avant d'en être chargé.

Les documents présents dans le fonds concernent les différentes étapes de ce moment historique. Durant la négociation, Thomson est accompagné par son chef de cabinet, Klobukowski, à qui il confie une mission de confiance à Phnom Penh. Le rapport de celle-ci, plus de cent pages, est conservé dans le fonds.

Le fonds Thomson a fait l'objet d'un inventaire analytique, par Jean-Philippe Dumas.

En complément des archives publiques, on note l'intérêt des papiers d'agents conservés aux Affaires étrangères, par exemple ceux de Klobukowski (95PAAP) ou de Billot (195PAAP).