Le Secrétaire général du Protectorat (SGP) est à la tête des "Affaires administratives" du Protectorat ainsi que du service chargé des questions juridiques et de législation. Il a la tutelle sur les établissements rattachés (offices, etc). Il est l'organe essentiel de liaison entre les services de la résidence et les directions techniques. Il perdure tout au long du Protectorat dans ses missions essentielles administratives et économiques mais évolue quelque peu dans son périmètre notamment lors d'une fusion de courte durée avec le Délégué à la résidence.

Deux séries forment le fonds du SGP : La série dite "principale" (2MA/1) composée des dossiers du cabinet et du service des "Affaires administratives" et une série organique extraite du versement intial, formée des dossiers de l'épuration et lois de Vichy (2MA/2).

A noter : Le service de législation de la Résidence lui était également rattaché, mais pour ce dernier, les archives ont fait l'objet d'un classement séparé sous la cote 1MA/20.