En 1862, les Français s'installent sur le territoire des sultans afars d'Obock et de Tadjourah qui devient une colonie sous le nom de "Côte française des Somalis". En 1967, la colonie devient  le  "Territoire français des Afars et des Issas" (TFAI). Le pays accède à l'indépendance le 27 juin 1977 sous le nom de République de Djibouti.

Dans un premier temps, une section consulaire ouvre à l'ambassade mais elle se transforme rapidement en consulat général en septembre de la même année. Raymond Huleu est nommé consul général.

Depuis le 1er juillet 2011, le consulat général de Djibouti est devenu une section consulaire.

On peut suivre l'évolution de la conservation des archives dans les rapports de l'inspection générale et de la direction des archives. En 1989, la mission d'inspection demande au poste de réviser son plan de classement qui date de 1983 et de constituer un fonds ancien. En 1990, le plan de classement est actualisé et approuvé par la direction des archives. Un premier inventaire est rédigé en janvier 1990. En 1999, le consulat demande une mission d'archives. Françoise Watel et Karole Bezut, conservateurs du patrimoine, se rendent sur place du 14 au 31 janvier 2001. Elles constatent à leur arrivée qu'il n'y a aucune coupure chronologique ni de versement au fonds ancien depuis l'ouverture du consulat en 1977. La date de 1988 est retenue comme coupure chronologique car elle répondait au souhait du poste de conserver au moins dix ans d'archives sur place et, d'autre part, elle reflétait une coupure déjà effectuée dans un certain nombre de dossiers. Ce fonds ancien est rapatrié en 2001.

Les archives ont été versées et rapatriées par le consulat général de France à Djibouti en deux temps :

- la tranche chronologique 1977-1988 a été rapatriée en 2001 sous le numéro 2001/20.

- la tranche chronologique 1989-2000 a été rapatriée en 2005 sous le numéro 2005/12 (et cotée à l'arrivée en 2005012NN).

Les archives consulaires contiennent essentiellement des dossiers sur les questions de chancellerie mais on trouvera également des dossiers sur l'organisation et l'activité du consulat ainsi que sur les questions économiques, culturelles et politiques.

Voir PV de destruction

Les dossiers d'immatriculés radiés se trouvent toujours sur place, ils seront rapatriés ultérieurement.

Un plan de classement unique a été utilisé pour les deux fonds. Approuvé par la direction des archives en juillet 1990, ce plan s'inspire de la brochure d'instructions sur les archives dite "brochure verte".