En novembre 1927, l'Institut français est créé en collaboration avec l'université de Toulouse. Installé au palais d'Abrantes, où se trouve également la légation française, il est inauguré officiellement en 1936. Deux années plus tard, une antenne est créée à Porto, elle devient indépendante en 1956.

Durant la Seconde Guerre mondiale, un institut parallèle prend le nom de Mission universitaire au Portugal et est rattaché à l'académie d'Alger.

Les rapports étroits entre la France et le Portugal amènent le ministère à doter l'Institut d'un bâtiment qui devient le fleuron du parc immobilier du réseau culturel du ministère des Affaires étrangères : en 1984, l'Institut emménage dans un bâtiment construit entre la rua Dr. Antonio  Cândido et avenida Luis Bivar 91 où se situe l'entrée principale. Plusieurs institutions viennent occuper ce bâtiment de 5000 m2, dont le service de coopération et d'action culturelle (SCAC) de l'ambassade et l'alliance française de Lisbonne.

Ne donnant plus de cours à partir de 1994, l'Institut perd sa principale source de revenu. Dans le même temps, une restructuration du réseau culturel français est amorcée avec la fusion progressive du SCAC et de l'Institut.

Dans les années 2000, la santé de l'Institut décline. En 2015, il est conduit à revenir au palais d'Abrantes dans ses locaux historiques.

Fonds ouvert.