Ancien protectorat britannique depuis 1894 regroupant les royaumes du Bouganda, du Bunyoro, d'Ankolé, de Toro et du Busoga, l'Ouganda devient un Etat fédéral indépendant le 9 octobre 1962.

C'est à cette date qu'ouvre l'ambassade de France, avec M. Smirnov (dit de Grez) nommé en tant que chargé d'affaires.

A sa succession au poste ont été nommés comme ambassadeur :
M. Flory (1964)
M. Thabault (1969)
M. Renard (1975)
M. Jean Clément (1979)
M. Butin (1982)
M. Cornée (1986)
M. Gérard (1990)
M. Descouete (1993)
M. Roudaut (1998)
M. Thiant (2001)
M. Garancher (2005)

L'ambassade a déménagé dans de nouveaux locaux en 1999.

Versements :

- 9 juin 1989 : 56 articles (1962-1980)

- 26 juin 2001 : 65 articles (1963-1989) (versement  2001/38)
- 13 avril 2006 : 70 articles (1990-1993) (versement 2006/16)
- 12 novembre 2007 : 11 articles (registres) (1990-1993) (versement 2007/58)

- 22 octobre 2009 : 92 articles (versement 2009/40)

Fonds constitués des 5 versements successifs :
- les 2 premiers versements sont en numérotation continue (1962-1989)
- les 2 suivants sont constitués de 81 articles au total (qui ont été par la suite reconditionnés en 58 cartons)
- le dernier est numéroté à partir de 1.