La Pologne retrouve son indépendance en 1918, celle-ci est reconnue par le petit traité de Versailles de 1919.

De 1919 à 1923, le poste de Cracovie est une agence consulaire du consulat de Katowice. De 1923 à 1939, le poste est une chancellerie détachée du « consulat à Katowice et Cracovie ». À cette date il est installé rue Polockiego (aujourd'hui Westerplatte).

De 1939 à 1945, la Pologne est envahie et occupée par les troupes allemandes et soviétiques.

En 1946, le poste de Cracovie est rouvert comme consulat. En 1965, il est transformé en consulat général. En 1953, il reste le seul poste consulaire en Pologne avec Varsovie après la fermeture des consulats de Poznań en 1948, Wroclaw en 1949 et Katowice (rebaptisé Stalinogrod de 1953 à 1956) en 1953.

En 1999, un poste mixte culturel est créé. L'institut français de Cracovie, créé en 1946 et logé jusque-là dans le palais Lubomirski (15 rue Jana), emménage dans l'immeuble consulaire et le consul général devient directeur de l'institut français de Cracovie. En 2005, après une réforme, l'institut perd son autonomie et devient antenne de l'Institut français de Pologne établi à Varsovie.

Depuis janvier 2005, dans le cadre d'une réforme du réseau consulaire dans les pays de l'Union européenne, le consulat général devient un poste à gestion simplifié ou consulat d'influence. Il est essentiellement compétent en matière économique, politique et culturelle avec des missions importantes en matière mémorielle (pavillon français d'Auschwitz) et de coopération décentralisée et universitaire. Les compétences consulaires (immatriculation délivrance de passeports, de cartes d'identité et de cartes consulaires, questions de nationalité et d'état civil) sont transférées à la section consulaire de l'ambassade de France à Varsovie.

Les archives sont conservées dans les locaux du consulat général, installé à l'ouverture en 1946 au 9 rue Karmelicka, il déménage rue Krupnicza en 1954, avant de s'établir en 1976 au 15 rue Stolarska.