Le 24 juin 1943, un mois et demi après la libération de Tunis, le général Juin promulgue un décret beylical instituant à Tunis un conseil supérieur d'enquête (CSE) visant "tout fonctionnaire de l'administration centrale, régionale ou locale sur lequel [pèsent] des charges sérieuses d'avoir apporté volontairement une aide quelconque aux autorités civiles ou militaires ennemies". La compétence du CSE est uniquement d'ordre disciplinaire, "sans préjudice des poursuites pénales dont [le fonctionnaire incriminé] peut faire l'objet".

Premier territoire à avoir été occupé puis libéré "donc susceptible d'avoir à connaître de cas de collaboration", la Tunisie a alors un temps d'avance sur le reste de l'empire français. Le Comité français de la Libération nationale (CFLN) qui vient de se constituer à Alger n'a pas encore défini les modalités de l'épuration, même si l'idée en est largement agitée dans la presse. C'est donc le protectorat tunisien qui jette les bases de ce grand nettoyage, sans pouvoir s'appuyer sur une directive venue d'Alger.

Cette lacune sera rapidement comblée, et le résident Charles Mast adopte une nouvelle fois, le 25 septembre 1943, un arrêté "instituant" un conseil supérieur d'enquête, en remplacement de l'ancienne formule, jugée trop restrictive. Dans sa nouvelle formule, le CSE étend son action à tous les actes commis à partir du 16 juin 1940, tant par des ressortissants français que tunisiens. Le nouveau comité est censé achever ses travaux dans les deux mois qui suivent sa première séance, mais, vu l'ampleur de la tâche, son mandat est plusieurs fois renouvelé, pour prendre fin au mois d'août 1944.

À la mi-novembre 1943, la procédure d'épuration est déjà enclenchée dans toutes les administrations, à l'exception notable de la police (pour la police, une commission spéciale d'enquête sera constituée, chargée de recenser les dossiers et de les présenter au CSE ; ses archives sont jointes au classement, dans l'article 7). Près de 400 dossiers sont ouverts, 80 affaires ont déjà été jugées.

La suite des événements est un long va-et-vient de dossiers entre Tunis et Alger. Par une décision du 20 janvier 1944, le CFLN dessaisit intégralement le CSE au profit de la commission d'épuration d'Alger. Mais lorsque celle-ci est dissoute, en août 1944, il reste encore des dossiers non instruits ; ceux-ci sont alors transmis aux commissions ministérielles d'épuration. Pour le protectorat, il s'agit de la commission d'épuration du commissariat des Affaires étrangères, présidée par l'ambassadeur Jean Helleu, à Alger. Mais celle-ci ne parvient pas non plus à mettre un terme à la question de l'épuration tunisienne.

Après la dissolution des commissions ministérielles et le renvoi à Tunis, en février 1945, de tous les dossiers non jugés, le résident général Mast prend, le 30 mars, la décision de créer une nouvelle commission "chargée d'examiner les dossiers des affaires d'épuration pendantes devant les divers Départements ministériels du gouvernement français, et de proposer au résident général les décisions et solutions propres à régler ces dossiers". Une première réunion a lieu le 7 juin 1945.

Les documents du conseil supérieur d'enquête sont arrivés à Nantes lors du premier versement des archives du protectorat français en Tunisie (1TU/1V/2448 à 2459-2, 2463 et 2464, 2470 et 2495), parmi les dossiers de l'inspection générale des services administratifs. Le trait d'union entre ces deux fonds est Charles Saumagne, à la fois inspecteur général des services administratifs (1943-1950), président délégué du conseil supérieur d'enquête (1943-1944) puis membre de la commission qui lui a succédé (1945) avec la charge particulière d'assurer la continuité et la garde des archives.

Les dossiers de l'épuration ont connu de nombreuses pérégrinations, que ce soit entre la Tunisie et l'Algérie, ou au sein de la capitale tunisienne, entre l'inspection des services administratifs et la résidence générale. Si les efforts du président Saumagne pour maintenir l'unité du fonds sont manifestes, il lui a fallu plusieurs années pour obtenir le retour à la résidence générale de ses archives dispersées.

Cinquante-sept liasses ont ainsi été rassemblées, auxquelles s'ajoutent des dossiers confidentiels de la Section d'État. La numérotation de ces liasses, sans logique apparente, a été abandonnée au moment du rapatriement des archives en France.

Versement administratif de l'ambassade de France en Tunisie, héritière de l'ancienne résidence générale.

Les archives du CSE comprennent :

• les collections de procès-verbaux, de décision et de correspondance
• des dossiers thématiques sur la création et du fonctionnement quotidien du CSE
• des dossiers nominatifs (rangés dans l'ordre alphabétique)

Cette collection disparate a fait l'objet d'un premier classement succinct en vue du microfilmage au cours des années 1980.

En 1996, le ministère des Affaires étrangères et l'United States Holocaust Memorial Museum ont signé une convention de coopération concernant la reproduction de documents la période 1933 à 1948. Un certain nombre de microfilms furent réalisés à la direction des Archives du Quai d'Orsay. Toutefois, l'étude des populations juives d'Afrique du Nord n'avait pas bénéficié d'autant d'attention que l'étude des populations de l'Europe. Constatant que plusieurs fonds qui intéressent l'United States Holocaust Memorial Museum n'étaient pas encore en état d'être microfilmés, le Musée a proposé de contribuer au classement même des archives. C'est ainsi que la correspondante du Musée pour la France, Peggy Frankston, a réalisé le classement des archives du CSE, et de plusieurs autres cartons intéressant le sort des Juifs d'Afrique du Nord.

Seuls les documents en doubles ont été éliminés, pour un total de 30 cm linéaires.

Fonds clos.

Archives publiques. Fonds entièrement communicable.

Voir répertoire numérique par Peggy Frankston, United States Holocaust Memorial Museum, sous la direction de Damien Heurtebise, conservateur en chef du patrimoine, Nantes, novembre 2011

Une partie des archives personnelles de Charles Saumagne (2 cartons) a été déposée à la fondation nationale des sciences politiques par Charles-André Julien (cote : CS 1 à 5). Une autre partie (7 cartons) est conservée aux Archives nationales d'outre-mer (ANOM), sous la cote 128 APOM 1 à 7.

Voir également les archives confidentielles de la Section d'Études, récupérées par Saumagne après 1946 et conservées dans le premier versement du protectorat : 1TU/1V/2742-2904, et surtout 2752-2766.